La Prelatura Territorial de Chota (Praelatura Territorialis Chotensis) fue creada el 7 de abril de 1963 por el Papa san Juan XXIII mediante la Constitución Apostólica Pontificale Munus, a pedido del Nuncio Apostólico de Perú en aquel entonces Rómulo Carboni, atendiendo de esa manera las necesidades apremiantes de la Iglesia. La nueva prelatura abarcaría las provincias civiles de Chota y Cutervo, en el departamento de Cajamarca, con una extensión aproximada de 7,000 kilómetros cuadrados . Desde su creación fue encomendada a la Orden de Agustinos Recoletos quienes venían laborando en aquellas provincias desde 1940. La sede catedralicia elegida fue la iglesia parroquial dedicada a Todos los Santos, en la provincia de Chota. El general de la Orden de los Agustinos Recoletos Fr. Eugenio Ayape, previas conversaciones con las autoridades respectivas Fr. Víctor Hermosilla y Fr. Feliciano Díez, hechas las consultas y coordinaciones debidas, acepta la propuesta del Nuncio para regentar la Prelatura. Por la misma fecha, y con la bula Quoniam homines, se nombra a Fr. Florentino Armas Lerena, como su primer obispo prelado. Desde su creación la Prelatura de Chota ha contado con el movimiento Apostolado de la Oración. Este ha sido germen de muchos catequistas que cultivaron la fe en las diferentes comunidades y fueron semilla de innumerables vocaciones a la vida religiosa y sacerdotal. En cerca de 60 años la Prelatura de Chota cuenta con 6 obispos en su lista de pastores, y todos Agustinos Recoletos: Monseñor Florentino Armas Lerena (1963-1976), Monseñor José Arana Barruete (1979-1992), Monseñor Emiliano Antonio Cisneros Martínez (1994-2002), Monseñor José Carmelo Martínez Lázaro (2002-2005), Monseñor Fortunato Pablo Urcey (2005-2022) y Monseñor Víctor Emiliano Villegas Suclupe (2022-)
Damos gracias a Dios por el don recibido con la creación de esta Prelatura.