La Iglesia Santa María Magdalena fue fundada en 1557 por los padres franciscanos. Se le considera la iglesia rural más antigua de Lima. De ella se ha escrito: “Hay en Lima otros templos de mayor significación, pero no hay ninguno en que se reúna esa pequeñez de cofre con la suntuosidad de estilo de sus altares y la unidad en el detalle. Esta Iglesia parece un ascua de oro; un cofre delicadamente cincelado; no hay pomposidad, pero sí hay, entre la multiplicadísima maraña de la exornación de Churriguera, una noble presentación que deja el alma tranquila y el gusto satisfecho”. En enero de 1944 elarzobispo de Lima Pedro Pascual Farfán entregó al P. Gómez, a título personal, la parroquia hasta que en 1947 el cardenal Juan Gualberto Guevara la entregó a la Orden. Fue la primera iglesia de la ciudad entregada a una comunidad religiosa. Es así como nuestra Orden pudo establecerse en Lima y comenzar su trabajo pastoral de modo estable. Esta casa-parroquia, ubicada en Pueblo Libre, es considerada la casa madre de las demás que se tienen en la vicaría de Perú.
En 1965, al conmemorar 25 años de estadía de los agustinos recoletos en el país, el colegio Agustiniano San Martín de Porres, asociado a la parroquia Santa María Magdalena, abre sus puertas al servicio de la comunidad vecinal, con 38 alumnos y dos secciones. Esta institución, poco a poco, va creciendo de modo que en 1970 se inicia la educación secundaria. La primera promoción egresa en 1974.